日本の西の端にぽつんと在る美しい島・志木那島。本土からフェリーで6時間かかるこの絶海の孤島に、19年前東京からやってきた五島健助＝コトー（吉岡秀隆）。以来、島に“たったひとりの医師”として、島民すべての命を背負ってきた。長い年月をかけ、島民はコトーに、コトーは島民に信頼をよせ、今や彼は、島にとってかけがえのない存在であり、家族となった。数年前、長年コトーを支えてきた看護師の星野彩佳（柴咲コウ）と結婚し、彩佳は現在妊娠7ヶ月。もうすぐ、コトーは父親になる。コトーは、彩佳、和田、そして新米医師の織田判斗、そして数年前から診療所に勤める島出身の看護師・西野那美と共に診療所を切り盛りしていた。しかし、2022年現在、日本の多くの地方がそうであるように、志木那島もまた過疎高齢化が進んでいる。財政難にあえぐ近隣諸島との医療統合の話が持ち上がりコトーに島を出て拠点病院で働かないかとの提案が。そうなればコトーは長年暮らした島を出て行くことになる。それが島の未来のためになると理解しながらも、コトーは返事を出来ずにいた。そんな折、島に近づく台風。毎年多くの台風の通り道となっている志木那島だが、想像を超える被害がもたらされているという話が役場に入ってくる。
次々と診療所に運び込まれる急患。限られた医療体制で対応を強いられる診療所は野戦病院と化す。そして再び、コトーたちは“家族”である島民たちの優しさと人の命の尊さに向き合い葛藤することになる。時として残酷な自然、時を経て宿った新たな命、失われゆくもの、立ちはだかる現実。
島はすべてを包み込んで、人々は、そこに生きている。