第1話「Midnight-1：00am」

深夜0時過ぎ、CTUロス支局チーフ、ジャック・バウアーに非常召集がかかる。大統領候補パーマー上院議員の暗殺計画が発覚。山場は大統領予備選の今日、24時間だ。だが事件にはCTU内部の人間が絡んでいると思われジャックは上司ウォルシュの命を受け内通者を探る単独捜査を開始する。一方、ジャックの妻テリーは夜中に家を抜け出した娘キムを心配していた。キムと一緒にいる友人ジャネットの父アランと共に深夜の街を捜しまわる。同じ頃、ロス郊外を飛行中の旅客機がモハーベ砂漠上空で消息を絶つ…。

第2話「1：00am-2：00am」

何者かに銃撃されたウォルシュはジャックに助けを求め単身駆けつけたジャックに暗殺事件の情報が記録されたカードキーを託す。ジャックは密かにジェイミーに連絡を取り解析させるが…。

第3話「2：00am-3：00am」

パーマー上院議員の元に驚愕の情報が入る。数年前、娘ニコールをレイプし事故死した青年は実は息子キースに殺されていた。しかもその事実を旧知の友であるジャーナリスト、モーリーンが報道するという。一方、ジャックの娘キムと友人ジャネットは、ようやく自分たちの置かれた危険な状態に気付く。大学生だというダンとリックと夜遊びするつもりが、実は誘拐されていたのだった…。

第4話「3：00am-4：00am」

ジャックに反感を抱いていたトニーはウォルシュの死を隠し単独行動を取っているジャックに不審を抱き、支部長ジョージ・メイソンに通報する。メイソンはジャックの役職を解き支局を封鎖。脱出したジャックはカードキーに隠されていた住所へ向かい、そこである男と出会う。男はパーマー上院議員の暗殺計画とジャックの娘キムの行方不明が関連しているとささやく。

第5話「4：00am-5：00am」

行方不明の娘たちを必死に探し回るテリーとアランは、路上で交通事故にあったという少女が病院に運び込まれたことを知り急いで病院へ向かう。一方ジャックは娘が誘拐されたことを知り、警察に引き渡した男からキムの居所を聞き出すため男の脱走を手伝ってしまう。軍事衛星を使った追跡調査で支部長メイソンに追い詰められるジャックは、暗殺計画に自分の家族が巻き込まれていることを告げる。同じ頃、誘拐されたキムは実行犯リーダーのゲインズのアジトへと連れて行かれる。

第6話「5：00am-6：00am」

病院に着いたテリーとアランは運ばれたのがジャネットであることを知るが、意識不明の状態だった。テリーの連絡を受けてようやく病院へ駆けつけたジャックは、キムが誘拐されたことを告げる。ショックを受けるテリー。そんな中、ジャックの携帯電話に犯人ゲインズから連絡が入る。「娘の命を助けたければ、誰にも知らせず言われたとおりに行動しろ」ジャックはテリーに何も告げぬまま、用意された車に乗り込み病院を後にする。一方、病院に取り残されたテリーに、アランが意識の戻ったジャネットからキムの居所を聞き出したと告げる。2人もまたキムを追って病院を後にする。

第7話「6：00am-7：00am」

パーマー上院議員は、キースの事件の真相が報道される前に自ら事実を公表したいと家族を説得するが、同意を得られない。一方、行動を共にしてきたアランが実は偽者と知ったテリーは逃亡を試み失敗、アジトへ連行されてしまう。また、ゲインズの命令でCTUに戻ったジャックは、カードキーを偽物にすりかえるが、すぐに見つかってしまいニーナを人質にとって逃亡、さらにパーマー上院議員の朝食会に潜入する…。

第8話「7：00am-8：00am」

捜査を続けていたニーナとトニーが発見したスパイは、殺されたウォルシュが最も信頼していた部下、ジェイミーだった。同じ頃、ゲインズのアジトで再会を果たしたテリーとキムは互いの無事を知り安堵する。一方、パーマーの朝食会に潜入したジャックは、パーマー暗殺を強要され…。

第9話「8：00am-9：00am」

ジャックは間一髪でパーマー暗殺を阻止するも、逆に暗殺犯として拘束されてしまう。隙を見て逃亡したジャックは、通りかかったウェイトレスを人質に取り、工事現場に身を潜める。一方、ニーナたちはCTUに仕掛けられた隠しカメラの存在をジェイミーから聞き出し、自分たちが監視されていたことを知る…。

第10話「9：00am-10：00am」

監禁中のテリーからCTUへ電話が入る。ニーナたちは逆探知を試みるが、場所が特定できない。また、今やCTUだけでなく、警察やシークレット・サービスからも追われる身となったジャックは、密かにニーナと連絡を取り、ジェイミーのPCに残された手がかりからテッド・コフェルという人物の存在を知る。同じ頃、解任されたジャックの後任、アルバータ・グリーンがCTUに着任し、ジャックの行方を追う。一方、小学校を慰問中のパーマー上院議員は、政策アドバイザーのカールがフェラガモを始末しようとしていることを知る…。

第11話「10：00am-11：00am」

ゲインズのアジトでは、黒幕アンドレ・ドレーゼンがテリーとキムの殺害、アジト撤収を命じていた。それを知ったリックは、何とかキムたちを逃がそうとする。キムも彼を全面的に信頼するが…。一方、コフェルの居所を探し当てたジャックは、彼を尋問する。そしてコフェルの口からセビリア語が発せられたことで、2年前ジャックが軍に在籍していた頃のベオグラードでの任務が関係していることに気づく。しかし、全てを聞き出す前に、コフェルは心臓発作を起こして…。

第12話「11：00am-12：00am」

コフェルが待ち合せていた相手ケビン・キャロルを脅し、ゲインズのアジトを聞き出したジャックは単身、妻子を救出するためアジトへ潜入、決死の銃撃戦が始まる。一方、パーマーはフェラガモに危険が迫っていることを電話で伝えるが、逆に圧力をかけていると誤解されてしまう。パーマーは直接話そうと極秘に彼のオフィスへ向かう…。

第13話「12：00pm-1：00pm」

ゲインズとの戦いを終えたジャックは、ようやく再会したテリーとキムを連れてCTUに戻る。CTUではニーナとトニーがジェイミーの母親から、ベオグラードからの送金がある銀行口座の存在を聞き出していた。さらに、新たな暗殺者の存在も判明する。

第14話「1：00pm-2：00pm」

救出されたテリーとキムは病院で検査を受けるが、付き添っていたニーナが不審な人物を発見し、2人をCTUの隠れ家に移す。同じ頃、CTUに残ったジャックはグリーンたちの尋問を受けていた。一方、パーマーは今回の暗殺事件に、自分が2年前に承認した“ナイト・フォール作戦”が関係していることを知り、任務で部下を失ったジャックが復讐のために自分を狙っていると思い込み、ジャックに会うため、CTUへ向かう…。

第15話「2：00pm-3：00pm」

尋問中のジャックに面会を果たしたパーマーは、彼も事件に巻き込まれていたことを知る。2人は、“ナイト・フォール作戦”の全容を確認するため、中南米にいるCTU相談役ロバート・エリスに連絡を取り、任務の目的だったヴィクター・ドレーゼン殺害時に、彼の妻と娘が巻き添えになっていたことを知らされる。暗殺計画と誘拐事件はヴィクターの息子の復讐だった。パーマーの力によりCTUに復帰、捜査に戻るジャック。一方、隠れ家のテリーは自分が妊娠していることに気づく。さらに、別居中だった頃のジャックが、ニーナと関係していたことも知ってしまう。

第16話「3：00pm-4：00pm」

暗殺計画の第3の実行犯アレクシスは、ヴィクター・ドレーゼンの息子だった。そして彼がパーマーの選挙スタッフ、エリザベス・ナッシュと関係を持っていることも明らかに。ジャックは作戦のため、エリザベスに協力を要請する。一方、テリーにジャックとの過去を知られ、動揺するニーナは、他のスタッフに事情聴取を任せCTUへ戻る。直後、隠れ家に刺客が侵入、間一髪でテリーとキムは脱出するが事故を起こし2人は離れ離れに…。

第17話「4：00pm-5：00pm」

エリザベスの予期せぬ行動によってジャックの作戦は失敗、アレクシスは重傷を負う。事件の手がかりは消えてしまうのか…。一方、事故のショックで記憶喪失に陥ったテリーは、彼女のことを知っているという外科医フィル・パースローに出会う。同じ頃、テリーを探していたキムはCTUへ電話を入れるが、誰も信じることができず、リックに助けを求める。

第18話「5：00pm-6：00pm」

ジャックは、ニーナたちと協力して新たな手がかりを入手する。一方、パーマーはスキャンダルを自ら公表する決意を再び固めるが、妻シェリーが強く反対し、証拠のテープを破棄してしまう。同じ頃、テリーの様子に気づいたフィルは病院に行こうとするが、テリーは自宅に戻ると主張する。

第19話「6：00pm-7：00pm」

ようやく得た情報によって、サーガスという町に向かったジャックとメイソンは手がかりとなる変電設備を発見するが、そこにあるはずの建物は存在しなかった。一方、フィルに送られて自宅に戻ったテリーを新たな刺客が襲うが、際どいところで駆けつけたトニーに救われ、同時に記憶も取り戻す。同じ頃、キムはリックの家にいた不法麻薬所持者たちとともに警察に連行されてしまう。

第20話「7：00pm-8：00pm」

建物を発見できないメイソンは撤収命令を出すが、ジャックは構わず日暮れの荒野を探し、ついに公には存在しない地下の極秘収容所を発見。所長マーク・デサルボから、今からある囚人が護送されてくることを聞き出す。アンドレたちの狙いはその囚人だった。一方、ついに自分の家族のスキャンダルを公表したパーマー。有権者の反応は意外にも同情的なものだった。

第21話「8：00pm-9：00pm」

地下の極秘収容所に護送されてきた囚人は、2年前の“ナイト・フォール作戦”でジャックたちが殺害したはずのヴィクター・ドレーゼンだった。アンドレたちは父親を救出するために収容所を襲撃、ジャックも捕らえられてしまう。ヴィクターはジャックを人質に、取引をしようとするが、逆にジャックはアレクシスが手の内にあることを告げる。一方、キムは自力で身の潔白を証明し釈放されるが、CTUへ向かう途中、再び何者かに誘拐されてしまう。

第22話「9：00pm-10：00pm」

ヴィクターはジャックとアレクシスの身柄交換を要求するが、権限がないことを理由にメイソンは拒否する。業を煮やしたニーナはパーマーに連絡をとり助けを求め、メイソンに圧力をかけて交渉は成立、ジャックは解放される。しかし、キムを拉致していたのはヴィクターだった。そしてジャックに新たな要求を突きつける。

第23話「10：00pm-11：00pm」

ジャックはアンドレの指示に従い、パーマーの選挙事務所があるホテルに向かい、パーマーに携帯電話を手渡すが、実は、その携帯電話には爆弾が仕掛けられていた。ジャックの機転でパーマーの命は再び救われる。しかし、ジャックはパーマーが死亡したと報道させ、キム奪還のチャンスを狙う。

第24話「11：00pm-Midnight」

ジャックが約束通り港に着くと、ヴィクターたちはパーマーが生きていることを知っていた。驚愕したジャックは、CTU内部にまだスパイがいることに気づき、ニーナに知らせる。しかし、ニーナはさらに衝撃的な事実を語るのだった…。ジャックは単独でヴィクターたちとの最後の戦いに挑む…。もう1人のスパイは誰なのか。キムとテリーの安否は。パーマーの暗殺計画は、そして選挙の結果は。全てはこの1時間で決する。